ЕУСПб — это негосударственный университет. Ключевыми принципами его управления являются ответственность, коллегиальность и меритократия.
Определение основных направлений развития Университета, избрание ректора, принятие решений по основным стратегическим вопросам, контроль за деятельностью Университета находится в компетенции Общего собрания учредителей — высшего органа управления ЕУСПб.
Текущее руководство Университетом осуществляет Ректор.
В функции Попечительского совета входит предварительное рассмотрение вопросов управления Университетом, в том числе — относящихся к исключительной компетенции Общего собрания учредителей, вынесение по ним своих заключений и рекомендаций. Общее собрание учредителей и Ректор должны учитывать мнение Попечительского совета в обязательном порядке.
Планированием учебной и научной деятельности Университета занимается Ученый совет; при нем на постоянной основе функционирует ряд профильных комитетов.