Научный сотрудник, Лаборатория палеогеномики
Email:
- Академическая биография
-
Шарко Федор Сергеевич - молодой и опытный специалист в области биоинформатики, эволюционной геномики и больших данных. Участник научных отечественных проектов РФФИ, РНФ и грантов Министерства Образования и Науки РФ (в том числе ведущий), обладает значительным опытом в области анализа геномных данных. Последние статьи опубликованы в журналах: Hydrobiologia (2018), Genomics (2019, 2023), PloS ONE (2019, 2022), Scientific Reports (2020), BMC Bioinformatics (2023), Nature Communicarions (2021, 2022), Frontiers in Genetics (2022) и Genes (2022a, 2022b, 2023a, 2023b) и другие.
В 2013 году окончил Московский физико-технический институт (МФТИ), факультет нано-, био-, информационных, когнитивных и социогуманитарных наук и технологий по специальности прикладная математика и информатика. В том же году поступил в аспирантуру Федерального исследовательского центра "Фундаментальные основы биотехнологии" РАН, занимаясь популяционной генетикой позвоночных. В 2023 году защитил кандидатскую диссертацию на тему "Комбинирование биоинформатических подходов для de novo сборки сложных геномов на примере миниатюрного паразитоида Megaphragma amalphitanum и вымершей стеллеровой коровы Hydrodamalis gigas" С 2013 по 2024 год работал в должности научного сотрудника в Центре "Биоинженерия" РАН в лаборатории геномики и эпигеномики позвоночных.
- Избранные публикации
Научные статьи
- 2025 Sharko F. S. et al. Genetic Diversity of the Collection of Far Eastern Actinidia spp. Revealed by RAD Sequencing Technology // Plants 2025, 14(1), 7. - 2025.
- 2024 Sharko F. S. et al. Koban culture genome-wide and archeological data open the bridge between Bronze and Iron Ages in the North Caucasus //European Journal of Human Genetics. – 2024. – P. 1-9.
- 2024 Шарко Ф.С. и др. Секвенирование и анализ полного генома российского изолята вируса А черешни (cherry virus A) // LOMONOSOV BIOLOGY JOURNAL. 2024. Т. 79. No 3
- 2024 Sharko F. S. et al. Dissecting the Kaiso binding profile in clear renal cancer cells // Epigenetics & Chromatin. 17, 38 (2024)
- 2024 Sharko F. S. et al. Chloroplast Genome Variation and Phylogenetic Relationships of Autochthonous Varieties of Vitis vinifera from the Don Valley // International Journal of Molecular Sciences. 2024; 25(18):9928
- 2024 Sharko F. S. et al. Human DNA from the oldest Eneolithic cemetery in Nalchik points the spread of farming from the Caucasus to the Eastern European steppes // iScience, Volume 27, Issue 11, 2024
- 2024 Шарко Ф. С. и др. Полная последовательность хлоропластного генома Vitis vinifera ‘Красностоп Золотовский’, автохтонного сорта из долины Дона // Turczaninowia, 2024. Т. 27, № 1. С. 124-129
- 2024 Sharko F. S. et al. First Report and Molecular Characterization of Umbra-like Virus on Ficus carica Caprifig Trees in Crimea // Plants. 2024; 13(16):2262
- 2024 Sharko F. S. et al.Embryonic temperature has long-term effects on muscle circRNA expression and somatic growth in Nile tilapia // Frontiers in Cell and Developmental Biology 2024 Aug 1;12:1369758
- 2024 Sharko F. S. et al. First description of a mummified Middle Holocene brown bear from the New Siberian Islands, Russia // Ursus 2024 (35e10). - 2024. - P.1-12
- 2024 Sharko F. S. et al. Metagenomic profiling of viral and microbial communities from the pox lesions of lumpy skin disease virus and sheeppox virus-infected hosts // Frontiers in Veterinary Science, 2024, 11
- 2023 Sharko F. S. et al. ArdA genes from pKM101 and from B. bifidum chromosome have a different range of regulated genes // Heliyon, 2023, 9(12)
- 2023 Sharko F. S. et al. CircPrime: a web-based platform for design of specific circular RNA primers // BMC Bioinformatics. 2023. V.24.
- 2023 Sharko F. S. et al. Search for differentially methylated regions in ancient and modern genomes // Vavilov Journal of Genetics and Breeding, 2023, 27(7)
- 2023 Sharko F. S. et al. The Complete Chloroplast Genome Sequence of Actinidia arguta var. purpurea // OBM Genetics, 2023, 7(4). - P.1-6
- 2023 Sharko F. S. et al. Comparative Analysis Revealed Intrageneric and Intraspecific Genomic Variation in Chloroplast Genomes of Actinidia spp.(Actinidiaceae, Viridiplantae) // Horticulturae, 2023, 9(11)
- 2023 Sharko F. S. et al. First Report and Complete Genome Characterization of Cherry Virus A and Little Cherry Virus 1 from Russia // Plants, 2023, 12(18)
- 2023 Sharko F. S. et al. Mid-holocene Brown Bear (Ursus arctos) from the Bolshoy Lyakhovsky Island (New Siberian Islands) // In Doklady Biological Sciences. Moscow: Pleiades Publishing. 2023
- 2023 Sharko F. S. et al. Whole Genome Characterization of Prunus Necrotic Ringspot Virus and Prune Dwarf Virus Infecting Stone Fruits in Russia // Horticulturae, 2023, 9(8)
- 2023 Sharko F. S. et al. The Rurikids: The First Experience of Reconstructing the Genetic Portrait of the Ruling Family of Medieval Rus’ Based on Paleogenomic Data // Acta Naturae, 2023, 15(3)
- 2023 Sharko F. S. et al. Transcriptomic Profiles of Three Peach (Prunus Persica (L.) Batsch) Cultivars with Different Ripening Periods at the Initial Fruiting Stages // Nanobiotechnology Reports, 2023, 18(3). - P.480-489
- 2023 Sharko F. S. et al. National Genomic Information Database // Nanobiotechnology Reports, 2023, 18(3). - P.329-336
- 2023 Шарко Ф.С., Коробов Д.С., Булыгина Е.С., Слободова Н.В., Недолужко А.В. ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ЖИТЕЛЕЙ ЦЕНТРАЛЬНОГО ПРЕДКАВКАЗЬЯ в I тыс. до н.э. – I тыс. н.э. ПО ДАННЫМ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК // Российская археология. - 2023. - №1. - C. 53-69
- 2023 Sharko F. S. et al. The novel circular RNA CircMef2c is positively associated with muscle growth in Nile tilapia // Genomics. 2023
- 2023 Sharko F. S. et al. Genetic Diversity of Common Olive (Olea europaea L.) Cultivars from Nikita Botanical Gardens Collection Revealed Using RAD-Seq Method // Genes 2023. 14(7)
- 2023 Sharko F. S. et al.Ancient DNA of the Don-Hares Assumes the Existence of Two Distinct Mitochondrial Clades in Northeast Asia // Genes. 2023, 14(3).
- 2023 Шарко Ф.С., Жур К.В., Трифонов В.А., Прохорчук Е.Б. Искажение популяционной статистики как результат различных методических подходов к приготовлению геномных библиотек древней ДНК // Acta Naturae. - 2023. - Т. 15. - №1. - C. 87-96.
- 2022 Sharko F. S. et al. Reply to: “Steller’s sea cow uncertain history illustrates importance of ecological context when interpreting demographic histories from genomes” // Nature Communications. 2022. V.13. 3672.
- 2022 Sharko F. S. et al. Characterization of Divergent Grapevine Badnavirus 1 Isolates Found on Different Fig Species (Ficus spp.) // Plants. 2022. 11(19). 2532.
- 2022 Sharko F. S. et al. Ancient DNA Reveals Maternal Philopatry of the Northeast Eurasian Brown Bear (Ursus arctos) Population during the Holocene // Genes. 2022. V.13(11).
- 2022 Sharko F. S. et al. Insulin Receptor-Related Receptor Regulates the Rate of Early Development in Xenopus laevis // International Journal of Molecular Sciences. 2022. 23(16), 9250.
- 2022 Sharko F. S. et al. A de novo genome assembly of cultivated Prunus persica cv. ‘Sovetskiy’ // PLOS ONE. 2022.
- 2022 Sharko F. S. et al. Intergeneric Hybridization of Two Stickleback Species Leads to Introgression of Membrane-Associated Genes and Invasive TE Expansion // Frontiers in Genetics. 2022. V.13.
- 2022 Sharko F. S. et al. Caucasian treasure: genomics sheds light on the evolution of half-extinct Sevan trout, Salmo ischchan, species flock // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2022
- 2022 Sharko F. S. et al. First report of fig mosaic virus on fig in Russia // Plant Disease. 2022. 106(10).
- 2022 Шарко Ф.С., Хатиб А., Прохорчук Е.Б. Геномная оценка племенной ценности молочных коров черно-пестрой породы по совокупности признаков молочной продуктивности и признаков фертильности // Acta Naturae. - 2022. - Т. 14. - №1. - C. 109-122.
- 2022 Sharko F. S. et al. First report of fig cryptic virus on fig in Russia // Journal of Plant Pathology. 2021. 103. 741.
- 2022 Sharko F. S. et al. New Cherry-Adapted Plum Pox Virus Phylogroups Discovered in Russia // Plant Disease. 2021. 105(8).